دنیا به بدترین وضعیت ممکن رسیده و هر آن چه روزگاری از زیبایی های جهان بود، تبدیل به خرابه ای متروک شده است. رشد موجودات بیگانه ای که با نام Ceph شناخته می شوند، تهدیدی پایان ناپذیر برای بشریت است و در این بین شرکت بزرگی با نام CELL از این فرصت نهایت استفاده را کرده و کنترل تمامی قدرت های کره خاکی را از آن خود کرده است. بردگی و آوارگی تنها راه برای زنده ماندن در این مخروبه خاکی است. اما امید کاملا از بین نرفته و در این بین ابر قهرمانی با نام Prophet با Nanosuit قدرتمند خود تنها امید بشریت برای عبور از این بحران فرامنطقه ای است. در اوایل بازی نیز یک گروه از شورشیان با آگاهی به توانایی های فوق العاده پرافت از وی برای نابودی CELL و نجات انسان ها دعوت به عمل می آورند و حال هدف اصلی شما نابودی CELL و نجات بشریت است.