داستان بازی جذاب ندای وظیفه : جنگاوری پیشرفته در سال ۲۰۵۴ اتفاق می‌افتد. جایی که یک گروه تروریستی بین‌المللی حملات خود با هدف تصرف جهان و با از کار انداختن همزمان راکتورهای هسته‌ای کشورهای قدرتمند آغاز می‌کنند. بدین‌ترتیب، قدرت نظامی کشورهای قدرتمندی همچون ایالات متحده به میزان قابل توجهی کاهش می‌یابد. دولت‌های زیادی ورشکسته و تسلیم می‌شوند و سازمان‌های جهانی پاسخگو نیستند. حالا وقت آن است که یک مرد قدرتمند وارد میدان شود و به مبارزه برخیزد. جاناتان آیرونز با بازی تاثیر گذار کویسن اسپیسی مشهور، رییس بزرگترین و پیشرفته‌ترین ارتش خصوصی جهان با نام اطلس است. اطلس با امکانات و سربازهایی که در اختیار دارد تنها امید مقابله با گروه تروریسی KVA است. شما در نقش “جک میتچل” افسر سابق نیروی دریایی امریکا که در ابتدای بازی سقوط کرده و به اطلس می‌پیوندد هستید.